کلید رشد و توسعه ی کشورها در گرو تحقیقات و پژوهش های بنیادی است. بسیاری از کشورهای جنوب شرق آسیا در کوتاه زمانی توانسته اند مرزهای دانایی را در هم نوردند و با ابداعات و نوآوری های مدرن صادرات خود را چندین برابر کرده اند. در همین راستا برای تحقق اهداف سند چشم انداز 1404 یعنی دست یافتن به جایگاه نخست علمی و فن آوری در منطقه آسیای جنوب غرب، این معاونت، مهمترین هدف خود را توسعه ی دانش و ارتقای توانمندی در تولید علم و فن آوری قرار داده است.
معاونت پژوهش و فن آوری واحد تهران شرق با توجه به استراتژی های تبیین شده از سوی معاونت کل پژوهشی و فن آوری دانشگاه آزاد اسلامی عهده دار انجام این ماموریت است.